La Subsecretaría de Control y Fiscalización es un área de funcionamiento interno que realiza tareas consistentes en el control del cumplimiento de normas legales, niveles presupuestarios, su utilización económica, eficiente y eficaz, relacionado al uso de los recursos municipales. También, analiza y evalúa la gestión de las distintas áreas del departamento ejecutivo, el grado de cumplimiento de las mismas y la calidad en la gestión. Asimismo, los resultados son informados formulando en su caso recomendaciones y observaciones que correspondan y su posterior seguimiento.